传统的部门责任成本核算以职能作为归集和分摊成本的基础，在成本控制上必然以部门为界，力求部门内部效率的提高和成本降低，而对部门间和企业间的作业协调持消极态度，在纵向层级组织结构的配合下，成本转嫁、预算松弛和预算游戏等逆功能现象必然不可避免，这些都不利于整个供应链成本的降低和竞争能力的提高。而供应链成本核算的基础是流程管理的理念，流程不仅穿越部门之间的壁垒，而且跨越企业边界的限制，从最初的供应商的起始流程开始，经过制造商的全部流程，到最终消费者完成消费乃至产品生命周期结束的所有作业和资源消耗。显然，这种成本核算与供应链管理的横向动态组织特征是相适应的，而且实现了基于流程的点到点(from end to end)的成本核算与控制。